El Consell Rector és l'òrgan de deliberació i decisió del Consorci. Està integrat per:
> El/la president/a
> 6 representants de la Generalitat de Catalunya
> 2 representants de l'Ajuntament del Prat de Llobregat
> 2 representants de l'Ajuntament de Viladecans
> 2 representants de l'Ajuntament de Barcelona
> 2 representants de l'Àrea Metropolitana de Barcelona. Pendent de nomenament.
> 1 representant de l'Ajuntament de Gavà
> 1 representant de l'Ajuntament de Sant Boi de Llobregat
La Presidència correspon al/a la conseller/a de la Generalitat de Catalunya competent en matèria de medi natural.
La Gerència és l'òrgan d'administració que assumeix la direcció i la coordinació de la gestió del Consorci.