El Consorci avalua de forma contínua l'estat general dels hàbitats mitjançant l'anàlisi dels principals grups bioindicadors, calculant-ne la quantitat, la naturalitat, la fragmentació i la connectivitat.
L'estat de les llacunes costaneres s'estudia mitjançant el seguiment dels poblaments de macròfits. Les dunes amb pinedes de pi pinyer s'estudien mitjançant el seguiment de les poblacions d'orquídies, la realització d'atles de fongs, i l'anàlisi de l'estructura i composició de les comunitats psammòfiles. Periòdicament, també es fan mostratges i s'analitza el medi aquàtic del Delta.
Com a conseqüència de l'activitat humana, molts hàbitats dels espais naturals s'han vist alterats. Cal mantenir-los en bones condicions perquè no perdin biodiversitat: amb segues, desbrossaments i aclarides de vegetació, retirant-ne la vegetació exòtica invasora i fent un manteniment de plantacions.
Per controlar el gran creixement de vegetació de les zones humides - que es deu a la gran quantitat de nutrients que arriben als espais naturals procedents dels canals agrícoles i urbans- i per recuperar les comunitats vegetals i la fauna pròpia dels ambients oberts, així com el seu valor paisatgístic, es promou la pastura controlada d'ovelles o cavalls a les antigues maresmes i prats humits del delta del Llobregat.